アメリカ大統領直属のエージェントのレオンは、機密情報を握るアントニオ・テイラーを拉致した武装集団の車両を追っていた。だが突如現れた謎の女の妨害に遭い、犯人たちを取り逃がしてしまう。

一方、クリスは市街で発生する、感染経路不明のゾンビ発生事件を担当していた。
調査の結果、ウィルスの被害者全員が監獄島・アルカトラズ島を訪れていることを知り、クリス一行は島へと向かう。