大ヒットアニメ「名探偵コナン」の劇場版シリーズ26作目。

世界中の警察が持つ防犯カメラをつなぐ海洋施設「パシフィック・ブイ」が東京・八丈島近海に建設され、本格稼働に向けて世界各国のエンジニアが集結。顔認証システムを応用した、ある新技術のテストが行われていた。一方、コナンたち少年探偵団は、園子の招待で八丈島にホエールウォッチングに来ていた。するとコナンのもとへ沖矢昴（赤井秀一）から、ユーロポールの職員が、ドイツで黒づくめの組織のジンに殺害されたという知らせが入る。不穏に思ったコナンはパシフィック・ブイに潜入するが、そこでひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生。そして、八丈島に宿泊していた灰原のもとにも黒い影が忍び寄る。

物語の舞台となるインターポールの海洋施設「パシフィック・ブイ」の局長・牧野洋輔役で沢村一樹がゲスト声優出演。監督は「名探偵コナン　ゼロの執行人」を手がけた立川譲。