宇宙暦797年（帝国暦488年）。銀河帝国、自由惑星同盟の両国で国を揺るがす内戦が勃発。
ラインハルトは、この戦いで敵対する門閥貴族を一掃し、帝国内での覇権を確立するが、同時にかけがえのない友を失う。
一方のヤンは、国内で起きたクーデターの鎮圧に成功するも、背後に危険を増やす結果となった。
そして、翌年帝国と同盟はふたたび戦火を交え、二人の天才は戦場で火花を散らすことに…