“这是预言。一个巨大的危机，将会降临到你们五人的身上。到那时候能保护他们的只有你了。”
小时候曾经历过被人诱拐的高中二年级生堂岛大介，与儿时玩伴的阿凯、小露、铃铃、庆作一起，被卷入了不可思议的现象“涩谷传送”之中。
涩谷的市中心区穿越到了300年后的“未来”。在那里等待着他们的是，广阔无际的荒野和森林、散布的废墟……以及，未来人“修订者（revisions）”与他们操纵着的巨大机械怪物。
为了拯救理由不明地被肆意蹂躏着的涩谷，此时出现的是与诱拐事件中大介的恩人有着相同名字的少女·米罗。她为大介他们提供了只有他们能够操纵的人型兵器“提线木偶（string puppet）”，帮助他们守护涩谷。
对于诱拐事件的恩人——米罗曾经说过的“保护同伴的命运”的预言，大介一直都是以此为信条活至现在，他因为终于降临的危机和得到的力量而感到高兴。但是，儿时玩伴的五人之间的牵绊也因为诱拐事件而变得支离破碎。
被孤立的城区。未知的敌人。不确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而向“未来”发起挑战。绝对，要回到原来的时代——