2031年，<翔龙危机>发生当日，刘雷昂身处事故的中心地点。量子反应堆——为替代日渐枯竭的环境资源而研究开发的下一代能源装置突然失控，在释放了大量未知能量之下发生了大爆炸。世界环境为之激变。人类以外的生物、机械等出现了独特的进化，诞生了特异进化生物“B.R.A.I”。就是它们，一步步将人类逼到了灭绝的边缘。
<翔龙危机>过后七年，雷昂住在绝对防卫都市新翔龙市外围的荒野，在与定下<家族契约>的刘可依一起生活的同时，为了对抗B.R.A.I而进行着独立的研究。散漫的雷昂和爱操心的可依相依为命，平静的日子时常让人忘却曾经的残酷。然而，威胁正在切实地逼近……