2035年的日本，某个研究计划发生了一场名为「大爆炸」的意外，失去控制的人工生命体「大麻烦」因而产生，占据了整个黑部峡谷。曾被誉为人类希望的研究重镇就此遭政府全面封锁。
两年后，在「大爆炸」中失去家人的15岁少女橘爱子，从转学生神崎雄哉得知令人难以置信的事实。她的体内隐藏着一个秘密，而一切谜题的解答就在「大爆炸」的中心地「原初点」。
少年与少女相遇，人类的命运掌握在两人手中，他们将揭晓什么样的崭新真相？