2014年4月にアニメ化が発表された。『ニンジャスレイヤー フロムアニメイシヨン』のタイトルで、2015年4月よりニコニコ動画などの動画配信サービスにて配信され、2016年にスペシャル・エディシヨン版と銘打ったTVシリーズが地上波で放送される予定。原作で地の文に相当するナレーションはオーディオドラマと同じくゴブリンが担当。
2015年7月から、英語吹き替え版も公開されている。