在近未來的東京，人來人往的街道上突現出現了黑點，而黑點也慢慢的擴大為直徑數十公里的圓頂狀的東西並將東京給吞噬覆蓋，面對這個光景且呆立的人們在下一秒發現黑點的中心點出現了異樣的事物，後來人們改稱之為《Z/X -Zillions of enemy X-》―――。