宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪（UC）终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century（RC），并开始了繁荣与和平的生活。

RC1014年，耸立大地、连接地球和宇宙的轨道天梯“首都塔”，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的光子电池（Photon Battery），故被视为圣地。其守护组织“首都卫队”候补生贝尔利・杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明的MS“G-Self”攻击。贝尔利使用作业用MS“雷克汀”与其交战并成功捕获。然而“G-Self”的驾驶者，名为艾妲·雷哈顿的宇宙海贼少女却对贝尔利产生了某种感觉，不满足特定条件便不会启动的“G-Self”亦对贝尔利产生了某种反应。宇宙海贼和艾妲的目的、被“G-Self”选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相――这一切只不过是Reconguista的开始。