《东京暗鸦》讲述的是一个和阴阳师有关的故事。故事的主角土御门春虎出身自阴阳道的名门——土御门分家，然而他一点“见鬼”的灵气都没有遗传到，而且他也没有成为阴阳师的愿望，是个生活在乡下的平凡普通的高中生。
但是这一切在他和土御门下届当家土御门夏目再次相遇之后都改变了，因为偶然的事件，土御门春虎进入了培养阴阳师成才的学院——阴阳塾，奇妙的故事从这里开始了。