オルペウス・オーダーとの戦いの後、進級して高校2年生になったカイトは、パズルの師・真方ジンの失われた記憶を取り戻すため、イギリスに来ていた。
子供のころジンと出会った教会を訪れるカイトたち。そこにひとりの少女が現れ、「会いたかった」とジンの元へ駆け寄る。「レイツェル」と少女の名を呼ぶジン。2人は知り合い？　……だが！　そのレイツェルが、突然、カイトたちにパズル・バトルを挑んできた！
同じころ√学園では、ギャモンたちが、エニグマと名乗る男からパズルを仕掛けられていた……。
カイトと仲間たちだけでなくルークやフリーセルまで巻き込んで、みたび展開される命がけのパズル・バトル。レイツェルとエニグマの目的は？　果たしてカイトは、真方ジンの記憶に眠る「『ファイ・ブレイン』と『神のパズル』の真実」へと迫ることができるか!?