人類は太古より、異形の存在との戦いを繰り広げていた。
その戦いの中で常に先頭に立っていたのは、
魔法力を持つ「ウィッチ」と呼ばれる10代の少女たち。

異形の存在の侵略から、故国を、人々を守るため、
魔法力を増大し飛行を可能とする新たな魔法の箒=「ストライカーユニット」を身にまとい、
ウィッチたちは、戦いに挑んでいた。

―――そして、ときは1945年。

ガリア、ロマーニャを異形の存在「ネウロイ」の脅威から救った第501統合戦闘航空団、
通称「ストライクウィッチーズ」は、役目を終えて解散し、ウィッチたちは各地へと飛び立った。

メンバーのひとり、宮藤芳佳は、
ロマーニャでの戦いでウィッチとしての魔法力を失うも、
人々を救うため、故郷の扶桑で医者をめざして勉強に励んでいた。

その芳佳のもとに、ひとりのウィッチが訪れる。

ウィッチの名は、服部静夏。
扶桑海軍士官候補生の制服に身を包んだ服部は、
宮藤に欧州留学の辞令が下ったこと、その随行として同行することを伝えにきたのだ。

医学の最先端を誇る国で、新しい医学を学ぶことができる―――
目を輝かせる宮藤は、欧州留学を決意する。

ときを同じくして、欧州ではネウロイに不穏な動きが現れ始め、
各地のウィッチたちが警戒を強めていた。

横須賀から欧州への旅路につく、宮藤と服部。
はたして、その行く先には―――?