与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，工藤大器升上了中学二年级。
不知从何时起陪伴在身边的好友明里和善二郎等人已经不在，取而代之的是天野音音的弟弟·天野悠。
「Xros Heart」以篮球队的名义继续存在着，队伍中有一名尊敬着大器学长的成员·明石激。
一天，激被卷入了街上所发生的异变之中，大器·激·悠等人的冒险之旅即将展开新的篇章！

此外，历代Digimon作品的主人公也将预计会在本作中陆续登场。