「苹果核战」的故事以未来为舞台，因为人类总无法抑制自己的欲望，所以争斗不休，并终于又引发了一次世界大战。这场旷日持久的战争把地球整成了废墟，但讽刺的是，这里没有战胜国。面对这样一个满目疮痍的地球，大家都输了，人类是这场战争恶果唯一的生产者和品尝者。在这之后，呈现出疲惫与荒芜的世界，由代理联合国职务的国际调停组织——总合管理局代管了。为了恢复人类文明与繁荣，总合管理局建造了一个让人民能享有富裕生活与安定和平的理想国度——OLYMPUS。OLYMPUS是由人类与机器人，还有透过遗传工程将人类感情中的愤怒与憎恨等负面情绪的DNA移除后制造出来的人造人，三个种族共存的乌托邦。然而，认为这是一个虚伪的乌托邦，不同意总合管理局强行建设OLYMPUS的反对份子也非常多。为了维护OLYMPUS的都市治安，以及对抗反对势力等恐怖份子，政府决定组织名为ES.W.A.T的特殊武装部队，来应付各种日渐严重的犯罪危安事件。而故事就是围绕着ES.W.A.T的其中的女队员迪娜和她的机器人拍档布里亚莱奥斯来进行。
「苹果核战XIII」不会作为两部电影版的续集，而是在第五次世界大战后，围绕着迪娜及布里亚莱奥斯在OLYMPUS的故事来展开。
制作组还将基于13集TV动画制作两部剧场版「劇場リミックス版」，于6月上映。