2148年、迫り来る宇宙からの脅威「フェストゥム」より人類を守り、奪われた皆城総士を救出、人類に味方するフェストゥムのコアを解放する為の作戦「蒼穹作戦[1]」より2年…。平和は守られたはずだった。総士は存在が消滅しながらも、いつか竜宮島へ戻ると一騎と約束をした。少年少女たちは取り戻した平和の中、日々を生きていた。そんなある日、一隻の艦が竜宮島へ打ち揚げられる。中には1人の少年が眠っていた。