你知道这样的城市传说吗？“在东京地下无拘无束奔跑的地铁。在那之中，有只有美丽的男子乘坐的电车存在。其名为‘奇迹列车’。遇见其的少女肯定会得到幸福”
有一个进入了地下铁站台的女孩子。周围是与平时没什么变化的风景。可是，通过自动检票的瞬间，触摸了的卡隐约地放出光。没有发现那样的异变，女孩子仍然朝着月台走去。在月台跟平时一样的大江户线开了进来。门打开，女孩子进入电车时——车内的异空间展开，6个美丽的男子在等待着。那是不是平时的电车，而是城市传说中传言的奇迹的电车“奇迹列车”。而且6个人竟然是“车站”们……！
据统括6人的乘务员和向导的女孩子说：“奇迹列车，会出现在有烦恼的人面前。并且，车站们会为他们解除那个烦恼”。
这样解决搭乘“奇迹列车”的人们的烦恼的6人，跨过各种各样的纠纷的事件，他们的羁绊也会越来越强。
那么，今天会有怎样的乘客搭乘奇迹列车呢……？