高中一年级的冬天，六合鸨时来到次世代博物馆参观了利用最先进技术举办的大江户幕府末巡回展。然而在散步途中，鸨时被突然出现的妖怪鵺袭击，从而进入一个与江户幕末时代相似，人与妖怪共存的名为“雨月”的异世界中。从鵺手中救出了鸨时的少女朽叶，一起参观了幕府末巡回展而来到“雨月”的篠野女绀，鸨时与他们一起探索着回到原来世界的方法。后来，鸨时遇到了站在人类一边的巫女银朱和站在妖怪一边的梵天，并开始逐渐了解到自己的使命。为了回到原来世界而成为破坏“雨月”的人，抑或是为了守护“雨月”而放弃回原来的世界，而发生的种种故事。