A.D.2009，在经历了和巨大异星人Zentraedi(ゼントラーディ)的那场近乎导致人类灭亡的星间戦争之后，幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合，开始了以种族延续为目的的银河播种计画。
A.D.2059，人类为寻求可居住的惑星，不断在银河系中探寻新天地。
载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(25番)，航行于银河系中心附近。
与Frontier临近的21番移民船团Macross Galaxy(マクロス·ギャラクシー)上在住之现役偶像歌手Sheryl Nome(シェリル·ノーム)为举行Live来到Frontier。Ranka Lee(ランカ·リー)在去Live途中邂逅作为飞行员养成生的Alto(早乙女アルト)，三人的不期而遇，彼此的命运从此相互牵系！
而此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！！！