『鋼鉄ジーグ』から50年後の2025年。九州全域は50年前に発生した謎のゾーンに覆われたままになっていた。
　　その九州に近い下関にハニワ幻神（げんじん）が再び出現。草薙剣児は鋼鉄神ジーグのパイロットとなり、幼馴染の珠城つばきや親友の美角鏡らと共に新ビルドベースの下、妃魅禍率いる邪魔大王国に戦いを挑む。

　　時代は『鋼鉄ジーグ』から50年後という設定、TVアニメ版『鋼鉄ジーグ』の続編ではなく安田達矢作画でテレビマガジン誌上で連載されたコミック版の続編であるが、一部キャラクター設定などが異なっている。本作は熱血主人公設定やヒロインなどのお色気シーン描写などがあり、1970年から1980年頃にかけての永井豪作品を彷彿させる作風になっている。

　　メカデザインも前作のものを改良した作風となっており、鋼鉄神ジーグも旧パーツやオプションを装着できる。2008年7月に玩具が発売されたが、発売元はタカラトミーではなくバンダイとなり、超合金魂ブランドとして発売することとなった。なお、超合金魂のパッケージ表記は「ZYYG」であるが、「ジーグ」と言う名の発祥から考えるとこの記述は誤りである（詳しくは「鋼鉄ジーグ」参照）。ただし、ディスプレイ台にあるレリーフには「JEEG」と記されているため、パッケージ表記のみの誤字である。

　　旧タカラ版マグネモ玩具に比べると、超合金魂鋼鉄神ジーグは磁石が接する面積が狭いため磁力がやや弱く、ジョイント径の違いなどもあるため、完全な互換性は求めるべくもないが、一部のパーツは換装できる。