《翼·年代记》的故事中，首个世界是沙漠城市──玖楼国（TVB译：古罗国）。少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身分问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。可是，在一次小樱及其兄长桃矢国王的探访中，遗迹突然发生异动，小樱的记忆化作了羽毛，飞散消失。神官雪兔一面照顾受了伤的国王桃矢，一面告诉小狼：小樱的记忆羽毛已经飞散到不同的次元世界里，要救回小樱，必须收集回小樱的羽毛。
　　于是，雪兔便把小狼送到“次元魔女”壹原侑子那里，要他向侑子询问救回小樱的办法。同一时间，要躲避阿修罗王的色雷斯国魔法师法伊，及被知世公主驱出日本国的武士黑钢，都来到侑子那里，希望得到穿越各次元的方法，以继续逃避或回到故地。
　　侑子遂把能带他们穿越不同次元的莫歌拿取出，但条件是要用他们最珍贵的东西，作“等价交换”。法伊为继续逃避阿修罗王，他交出了他背后的特殊纹身；黑纲为返回日本国，以他那柄特殊的刀作为代价；为了救回小樱，小狼牺牲了他跟她的“关系性”──即使找回小樱的所有羽毛，小樱也不会记得往日与小狼一起的时光。
　　就是这样，小狼带着小樱公主，与黑钢、法伊一起，踏上穿梭各个次元的旅程，为了取回小樱的羽毛而作战。
　　《翼·年代记》的故事中，采用了大量CLAMP过去作品中的人物。在不同的世界里，人物有着不同的生活，不过他们的“根源”（可视为本性、灵魂之类）是相同的；与李连杰电影《最后一强中文维基百科未有最后一强页面，可参考英语维基百科的对应页面The One。》的设定类似。在《CLAMP奇迹》一书中则称这种叫做“明星制度”