故事应该从那天的相遇开始……
　　和我同一个学校的从小就认识的玉城麻衣子格相当坚强，另一方面因为有我这样一个青梅竹马而变得犹犹豫豫。她在休息时间是非常有精神的，而上课的时候总是爆睡，老师也感到为难。
　　每天面对这样的女孩子，还要和班级的同学一起嘻闹，这是我认为应该每天都发生的事情。那天在电车中认识丸腾泉美的时候也没有想到会发生特别的事情，直到那个瞬间突然来临的时候……
　　在月台的人一下子全部消失了，虽然刚才还有那么多人的……
　　也就在那个时候我和辻绫碰面了……
　　和这个在无人的世界唯一生存下来的少女绫相遇后，我的日常生活被破坏了。
　　接二连三的发生了很多不可思议的事情，这个世界是假的吗？还是说是我的记忆有问题？
　　同时像谜一样的少女枝睦月也出现在我的面前，她要停止找寻少女绫，说要全部忘记。可是我却想和绫见面……
　　两人要揭开这个潘多拉计划的谜底……
　　两个人马上就要接近世界之谜的核心了！世界的真实是怎么样的呢？