被称为最强刺客的“Phantom”遇上了只身至美国旅行的少年吾妻玲二，而少年却发现原来这个在黑街里执行黑手党干部连续暗杀事件Phantom，居然是和他年龄相近的少女Ein。
之后少年被谜般的组织“Inferno（地狱）”绑架，并且被洗脑导至记忆丧失，后来更接受Ein的训练、学习各式各样的暗杀术，成为跟“Phantom”一样替“Inferno”卖命的杀人机器“Zwei”……同时作品也描绘少年与Phantom之间的感情发展。