故事的主角是一个北海道的学生修次。他的同班同学千濑在故事开始的时候就已向修次表白了。但因为千濑的害羞性格和修次的不善辞令，所以他们就以写交换日记来开始他们的情侣关系。

一日，当修次和朋友到札幌购物的时候，不明来历的轰炸机对札幌进行了猛烈的轰炸。修次和他的朋友找地方作掩护时，他见到了一个快速的小型飞行物体向敌军的轰炸机进行攻击。修次和他的朋友失散了之后，他在废墟堆中徘徊。当他在废墟堆当中见到了增生了翅膀、武器、不再心跳且衣着破烂的千濑之后，千濑告诉了他，她已经成为了日本自卫队的“最终兵器”，故事于是开始……

北海道的无名小镇，感情萌动的中学生们，有谁料到这是末世前的详和。帅气却仍有丝许木讷的修次，可爱却总是迟钝的千濑，才刚决定好好开始恋爱，却就要承受宿命的折磨。
被改造成最终兵器的她，忍受着身体上的异变，忍受着为了保护而必须去毁灭的痛苦，艰难地和修次恋爱着。
目睹着她忍受痛楚却无能为力的他，不断挣扎着艰苦地维持这段脆弱的恋情。
身边的朋友一个个死去，然，想要去保护，想要生活在一起的信念紧紧牵扯着他们。两人，用他们的真心谱写一段末世的恋曲。
我们也想互相依偎地活下去……
地球最后的声音……
听起就像千濑的心跳……
这是这个星球与我们最后竭尽全力的歌声……
情歌……
我们会继续相爱下去……
活下去……