在很久以前，创世神（作者的意图，似乎是说明她所描述的这个神就是犹太教和基督教的上帝）创造了这个世界，并且制造出作为作为自己助手的天使，让他们处于远远高于人类的地位。在《天使禁猎区》的故事发生前，神就与其居住的神塔一起消失了。代表天使中最高权力的长老会议为了不引起恐慌，向外界公布神为了准备与地狱进行新的天地大战而隐居起来了。

神所制造的有机天使亚蕾克西儿，与其孪生弟弟无机天使罗洁爱儿一样拥有3翼翅膀，在天界中处于仅次于神本人和“圣隐者”亚当‧卡达蒙的至高地位。由于认识到天界的种种不合理现象，亚蕾克西儿在上次天地大战中背叛至高天站在地狱一方作战，结果被处以重罚。她的灵魂被贬入物质界（人类生活的世界）不断转世，而肉体则被放在天使水晶中封存起来。

在《天使禁猎区》故事开头，两名来自地狱的邪鬼（不同于恶魔的种族，其国家被天使彻底消灭）九雷和紫罗九音为了向天界报仇，闯入至高天盗走了亚蕾克西儿的身体。他们来到人间时发现亚蕾克西儿的转世是一个名叫无道刹那的少年，他因为与亲生妹妹无道纱罗陷入乱伦的恋情而处于痛苦之中。与此同时，从天界擅自来到的人间的天使肯达，将在上次天地大战中被亚蕾克西儿封印的罗洁爱儿唤醒。罗洁爱儿针对无道刹那展开了一系列的疯狂行动，使一种名叫“天使禁猎区”的可以将人类变为傀儡的游戏软件在学校里流行，导致多名学生遭遇不幸事件。

在用多种方法打击无道刹那没有成功之后，罗洁爱儿从天界召来名叫姬理绘的实习天使直接攻击刹那，但纱罗却代替哥哥而死。因为爱人死亡悲痛欲绝的无道刹那觉醒为有机天使，巨大的能量毁灭了整个城市。在清醒过来后，无道刹那受到亚当‧卡达蒙的指示要到星幽界夺回纱罗的灵魂，但发现灵魂已被天界带走。要想找回纱罗，无道刹那就必须对抗众多强大的天使；另一方面，天界也因为宰相圣沃夫达尔达的严厉统治和普遍堕落而混乱不堪。天使禁猎区的故事，于是就此展开......