旅途中，巧遇宝可梦训练家小凌的小智一行人，为了让疲累的神奇宝贝们休息，于是前往最近的宝可梦中心。该中心所在城市名为“绿色草原”听起来应该是个使人心境祥和的地方，没想到来到这绿色原镇时，面对突如其来的景象感到震撼，因为原本美丽的绿色草原镇，瞬间竟然变成了冰冷的结晶城……。

原来独自孤独生活的少女小美在某夜将下落不明的父亲秀力所留下的未知图腾卡排列，没想到却因此开启了可怕的“结晶世界”！

而传说的宝可梦“炎帝”竟然将小智的妈妈带往结晶塔里去了！小智一行人是否能够将妈妈平安地救回来呢？