近未来的日本，一个叫做“疏濑”的城市中，市民过着平凡的生活，只不过，在城市的一角，山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂，每天固定时刻，那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽。
小学六年级学生直太，与高中女生真见美，直太那个留学的哥哥的女友，一起在河边打发时间。本该是继续平凡的日子，随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驶的电车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角！而睛子居然成为直太家的佣人进入了直太家。睛子的秘密与她口中常念起的“FLCL”的含义，令直太的生活有了翻天覆地的改变。